Dependencia de la Dirección General del CNSP, cuyo objetivo es contribuir en la implementación de intervenciones sanitarias para la prevención y control de enfermedades transmisibles y no transmisibles en concordancia con los objetivos funcionales del CNSP, sus funciones son:

• Elaborar recomendaciones sobre intervenciones en salud pública en el contexto epidemiológico del país.
• Proponer, ejecutar y difundir investigaciones institucionales o colaborativas sobre intervenciones que contribuyan en la prevención y control de enfermedades transmisibles y no transmisibles
• Coordinar la conformación de los grupos de intervención rápida (GIR) del Centro Nacional de Salud Pública ante una emergencia sanitaria
• Brindar asistencia técnica experta en los niveles local, regional, nacional e internacional para la implementación, monitoreo y supervisión de medidas de prevención y control de enfermedades en emergencias sanitarias.
• Capacitar a los equipos técnicos de los niveles local, regional y nacional en el manejo de enfermedades de relevancia en la salud pública del país
• Participar en la elaboración de guías de práctica clínica, protocolos sanitarios de urgencia y guías de vigilancia epidemiológica del Ministerio de Salud
• Participar en la vigilancia de enfermedades de relevancia en la salud pública del país
• Brindar recomendaciones sobre medidas de prevención y manejo de enfermedades que afectan a los viajeros
• Coordinar con las sociedades científicas y universidades en materia de su competencia.